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当严颜和叛军的幕后老板杨志出现之后，屠教授的手下很快就确定了他的具体位置。并立即采取了反制措施，最终不但全歼叛军，还抓获了杨志这个大反派。
尽管屠教授把一切都计划看似天衣无缝，通过引诱杨志让其自爆身份和内幕，然后抓住他的把柄，再借此撬开他的嘴获取重要信息。但是人算不如天算，意外依旧发生了。就在屠教授秘密抓捕杨志并令人进行押解的时候，押解部队却遭到了袭击，连同抓捕小队和杨志在内的所有人都被杀死。
这样一来，不但屠教授精心设计的计划落了空，就连他自己都因此陷入了巨大的困境，如果找不到足够的证据和理由来证明自己行为的正确性和必要性，即便是屠教授这样在国家层面上有着重要影响力的人，恐怕很难以全身而退吧。
当屠教授把自己这些事情和盘托出之后，电话另一头的总指挥彻底震惊了。
“老屠！你好糊涂啊，你怎么可以绕开中央和指挥部擅自做出这样草率的决定呢！先不要说杨志是不是真的存在你所说的那些问题，单单凭借你擅自拘禁和抓捕国家副部级官员这一条，那些处心积虑想要对付你的人就可以把你从你现在的位置上拉下来，并让你彻底永无翻身之日。如果杨志的同党在乘机反咬一口，把杨志的死做成因公殉职的烈士，那么你就成了反动分子。这个锅你背不起的！”
“老总啊，我这也是无可奈何啊。你是不知道啊，杨志的爪牙已经伸到我的脖子上来了，就连跟了我几十年的严颜都成了杨志的帮凶，他们一直盘旋在我身边，试图窃取我的研究成果，并打算以此发国难财！就连新都内部，至今为止还有一支部队，打着新都武警的旗号在新都内部胡作非为，替杨志和他的同党卖命呢！”
“
“那些不是已经求证了，那些穿着武警军转的叛军，实际上是恐怖分子假扮的嘛！”总指挥解释说。然而屠教授却叹了一口气说：“老总，目前你我用的加密通讯，能听到你我对话的不会再有第三个人了。所以你也不用这么谨慎。难道那些人到底是不是恐怖分子假扮的，您还不清楚吗？装甲车，武装直升机，火箭筒，全套武警建制和信息。恐怖分子即便是在怎么假冒，有怎么可能搞到这么齐全的装备？”
听屠教授这么一说，总指挥也叹了一口气说：“有些事情，不是你我可以左右的。杨志敢在新都这么明目张胆的做，那肯定背后站着巨大的保护伞，这绝不是一个部级干部就可以办到的事情，你应该想得到目前在我国有能力办到这种事情的人还能有哪些？那至少也是国字号的人物了，有着只手遮天的权力啊。”
“正因为如此，我才只能采取秘密行动啊。如果我把我自己的行动计划向上面汇报了，我可以肯定这些消息第一时间就会被那些家伙知道。他们就会有所准备，我还怎么让杨志露出马脚呢。而且还没等到我汇报向你私下汇报，杨志那伙人就先动手了，比我预期的还要快，差点打我一个措手不及。幸亏几个手下得力，才成功翻盘。”
总指挥听了之后，也对此表示很无奈，可是事到如今，说什么，解释什么都没用了，只能想办法补救。
“补救？这还有得救？咋救啊？”屠教授不解的问了问总指挥。
“你之所以敢抓捕杨志，我相信这一定是你掌握了杨志的一些把柄吧！即便这些把柄不足以让你直接指证杨志背后有人主使，也不足以让你可以直接扳倒杨志。但是至少可以让我有借口调查杨志吧。否者你也不会那么盲目的下手抓捕杨志，你能抓他，就说明他一定有把柄在你手里！否者你抓了他也没用。”
屠教授立刻就理解了总指挥的言下之意。他回答说：“是的，老总。我手上有杨志如何安插人到我身边，以及杨志和我所有对话的录音录像。当时那家伙以为自己赢定了，于是飘飘然有些得意忘形，自己说漏了嘴。所以这些已经可以成为您调查杨志的理由了。”
“那就好，你立刻把你掌握的资料做一份详细的报道，通过你的加密手机把资料发给我。然后我就会给你发一个让你暗中调查杨志的命令。这样一来，你抓捕杨志的行动，就有正当的理由了。至于日期嘛，如何处理你懂得。”
听总指挥这么一说，屠教授有些吃惊：“老总，您选择这样做可是很危险的啊，万一出点纰漏，这个责任你可是负担不起的。您刚才还指责我，说我的行为绕过了总部，绕过了中央。可您现在这么做，就等于把我的责任揽到自个儿身上去了啊！”
“这一点你不用为我担心了，你我是老朋友了。想我这种做政工干部的人，本来就是从事的危险的工作。作为一名政工干部，保护我的老下属也是应该的。而且这里面也有我的责任，杨志那群人的阴谋，你和我知道也不是一天两天了。只是如你所说，我们苦无没有证据来指证他们的阴谋。所以我才会专门把你派去新都，一来可以坐镇新都，二来可以开发药物，三来可以暗中收集证据。所以让你当副总指挥，在新都内部给你那么大的权力都是我的决定。这从侧面也助长了你敢于擅自行动的决心，所以我应当为此负责。
而且我作为新都事件处理的总指挥，中央早就给了我权力，只要是与新都事件有关系的，我都可以查，所以我也不算绕开中央。而且你是谁啊？你是新都事件处置的副总指挥啊，这件事情是你这个副总指挥提出建议，我这个总指挥附议之后，由我这个总指挥拍板决定的。你我一个副总指挥，一个总指挥。我们俩一起的决定，自然也不算是绕开指挥部了。所以抓杨志这样一个副部级干部来调查，也是‘合情合理’的嘛！